The Academische Jaarprijs

In October 2009, I had a chat with our professors on how we could explain our research to the general public and I suggested participating in the Academische Jaarprijs, which is a competition between Dutch universities and research institutes for the best translation of science to the general audience. I have been following it since its start in 2005 and have friends who almost won the prize with their group. It was something I always wanted to participate in, so I tried to make more people in the department enthusiastic for it . And I think it worked - as on our research retreat, the Academische Jaarprijs was on the program and one of the invited speakers was the 2007-winner of the prize. After inspiring and sometimes hilarious brainstorm-sessions, one idea came out as best and we decided to take that further to a real plan (I can’t tell much about it, you will hear more in September). Being the one who had come up with the idea in the first place, I became coordinator of the activities.

In the following months, we formed a team and talked to many people from outside academia, as the Department of Communication, a promotion-centre for the city of Groningen, journalists, web-designers.... They were all enthusiastic about our plan and were willing to help us. So in March, we submitted our idea, it got through the first selection-round, we send in a real proposal and last week it was announced that our plan was among the 5 finalists!

What does this mean for my search for a career in science communication? Well, mainly that I’m actually already doing it! Organizing events, talking to people outside academia about science, writing about it, and meeting a lot of people will help me expanding my network. Working on this project gives me opportunities that I would never have gotten by staying in the lab. How else would I end up at the Hilversum-studio’s to record a TV-pitch for a popular-science program? Doing this strengthens my feelings that I should pursue a career in this direction. But it also gives me the energy to get to the lab and get my experiments going, because I have to do that in a bit less time now.

I will keep you posted on our progress, especially in September when the plans will be revealed in newspapers and on TV, and the audience can vote for the best plan! The take-home message for you is: If you have an idea, just talk with people about it, even if you know you’re not in the position to make decisions. If you’re very enthusiastic, others might support you in your plans and can help you pursue them!! Go for it!!

 - This blog was first posted on PCDI's community blog -

Alle ziektes zijn erfelijk…?

Op de open dag van het Universitair Medisch Centrum Groningen deed de afdeling Genetica een onderzoek onder bezoekers naar wat mensen weten over erfelijkheid. We vroegen bij welk deel van de humane ziektes men dacht dat erfelijkheid betrokken was: 0-20%, ongeveer 50% of 80-100%. Bijna eenderde van de ondervraagden dacht dat erfelijkheid bij slechts een klein deel van de ziektes een rol speelt, de helft van de ondervraagden dacht dat bij ongeveer de helft van de ziektes het geval is (kijk hier voor de uitslag). De werkelijkheid is echter, dat bij bijna alle aandoeningen erfelijkheid een rol speelt…

Dat genen een rol spelen bij borstkanker, reuma, suikerziekte en hoge bloeddruk is algemeen bekend, maar bijna niemand wist te antwoorden dat het risico op het krijgen van ziektes als AIDS, griep en tuberculose ook erfelijk bepaald kan zijn. Aangezien deze ziektes worden veroorzaakt door een virus of een bacterie, lijkt het logisch dat pech en weerstand op het moment van blootstelling bepalen of iemand zo’n ziekte oploopt. Toch blijken kleine variaties in het DNA wel degelijk een rol te spelen bij de kans op het krijgen van infectieziektes.

AIDS

Bij AIDS is bijvoorbeeld bekend dat er bepaalde personen zijn, “elite controllers” genoemd die wel geïnfecteerd zijn met het HIV-virus, maar waarbij het optreden van de ziekte lang op zich laat wachten. Deze personen hebben vaak een bepaalde variant van het gen HLA, HLA-B57. Human Leukocyte Antigens (HLA)-moleculen zijn betrokken bij het herkennen en uitschakelen van ziekteverwekkers. Deze bevinden zich aan de buitenkant van cellen en presenteren stukjes virus of bacterie aan de “killer-T-cellen”, die vervolgens geïnfecteerde cellen doodmaken. De T-cellen moeten ziekteverwekkers herkennen, maar niet aan zogenaamde ‘zelf-peptides’ binden, omdat ze dan lichaamseigen cellen afbreken wat kan leiden tot auto-immuunziektes. Mensen met dit beschermende HLA-B57-gen blijken vaker deze auto-immuunziektes te ontwikkelen. Een groep onderzoekers uit Boston vermoedde een connectie tussen deze twee observaties. Ze gebruikten een computeralgoritme en wisten te voorspellen dat HLA-B57-moleculen een bredere activiteit hebben. Vervolgens testten zij hun theorie in 1900 HIV-geïnfecteerde patiënten waarvan 1100 met het HLA-B57-gen, en het bleek dat de ernst van de ziekte inderdaad verband hield met de bindingscapaciteit van HLA-moleculen (klik hier voor het paper in Nature, zie ook hier) Door de bredere activiteit van T-cellen van mensen met het HLA-B57-gen kunnen cellen geïnfecteerd met het HIV-virus waarschijnlijk beter in bedwang gehouden worden.

Malaria, tuberculose en bloedvergiftiging

Ook bij de vatbaarheid voor infectieziektes kunnen genen een rol spelen. Dit ontdekten onderzoekers uit Oxford en Singapore bij een studie naar malaria, tuberculose en bloedvergiftiging onder 8000 personen uit Afrika en Azië. Ze bestudeerden het gen CISH dat een rol speelt bij de reactie van het immuunsysteem op binnengedrongen ziekteverwekkers. In dit gen vonden ze 5 kleine variaties die Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) genoemd worden. Dit zijn variaties van 1 letter van het DNA die niet direct leiden tot ziektes maar wel de kans op het krijgen van een ziekte kunnen beïnvloeden. Mensen met een bepaalde combinatie van deze SNPs in het CISH gen bleken 18% meer kans te hebben op het krijgen van een infectieziekte dan mensen die een op diezelfde plaats in het gen een andere letter hadden.

Dus, er is zeker erfelijkheid betrokken bij ziektes die veroorzaakt worden door virussen en bacteriën. Het is vast geen toeval dat sommige mensen ieder jaar een flinke griep krijgen, terwijl anderen hooguit een dagje verkouden zijn… Kortom, bijna alle ziektes zijn erfelijk!

Dit artikel verscheen oorspronkelijk op wetenschapsblog Sciencepalooza

Be visible: The importance of communicating science to the public

A report of the forum discussion of PCDI Postdoc Retreat 2010

Jos van den Broek followed a ‘normal’ path in science: after studying Biochemistry in Leiden, he obtained his PhD in Pharmacology in 1981. After he wrote a second edition of his thesis for family and friends, he started a career in science-writing. He worked as a writer for different organizations in The Netherlands for some of years, and then went to the MIT in Boston on a Science-writing Fellowship.Back in the Netherlands, he worked for a number of well-known popular science magazines, as freelancer and as editor-in-chief. Since 2002, he is (assistant)-professor in Science Communication, at the VU and Leiden University. Also, he wrote a number of books on science communication and organizes many public events.

If there is anyone in the Netherlands who knows all about science communication, it is Jos van den Broek – and he was at the PCDI Postdoc Retreat with three clear messages for young scientists: BE VISIBLE, BE VISIBLE, BE VISIBLE!

According to Jos van den Broek, there are many reasons why we, as scientists, should get involved in science- and technology communication. For example, our economy would be impossible without the high-standard life-science research and bio-business that we have. So everybody working in this field has the responsibility to explain the public what we have achieved. Also, for public acceptance and a good opinion about science, we need to communicate to the general audience. Without the approval of the public, we will never get proper funding and we won’t be able to recruit talent for the future. The one and only way to achieve this all, which is the take-home message from the lecture is to MAKE OURSELVES VISIBLE and show people that WE ARE PROUD of our achievements!

The lecture was followed by the forum discussion: ‘Your impact on society’. Jos van den Broek was joined by an established scientist (Floor van Leeuwen from the NKI), a key player in industry (Jan van de Winkel, director of Genmab BV) and a consultant in Technology Transfer (Mirjam Leloux). Together with the retreat participants we discussed recent topics, as: how to prevent catastrophes about the public vaccination for HPV (that was refused by a lot of girls/their parents because of aggressive campaigns on the internet) and the fear for the Mexican flu (thanks to our Virus-guru Ab Osterhaus). Floor van Leeuwen had been a key player in the HPV-vaccination campaign and explained us how things went wrong despite good intentions of the participating scientists. We discussed how to prevent such debacles from happening again. Everybody agreed that more informed communicators (journalists) would have helped. Floor van Leeuwen stressed that we need to educate the public that in science, there are always uncertainties to be dealt with. So again the message was: it is our duty as scientists to educate and inform, to make sure that everybody can separate the good from the incorrect and misinterpreted information that we can read in the media. If we don’t, then who would?
 
And where to achieve this better than at the basis of our education: schools. This would also help to reach a goal that Jos van den Broek stressed: we need our talent for the future! There are already programmes to bring science to high-schools, like the travelling DNA-labs, Junior Science-projects, scientists that visit schools to explain their research… You can participate in these projects, or even visit schools at your own initiative – schools are usually keen to receive guest lectures from scientists. So also for this – BE VISIBLE is very true. Do you think you have something interesting to tell? Just go and tell people about it! Maybe we should even expand these projects to primary schools, where children are very eager to learn and explore new things. Good communication to primary school teachers, convince them that science does not have to be difficult but could be very exciting. Would that be a strategy get science to primary school pupils, the new Einsteins of the future?

It is clear that this was a very inspiring and energizing morning for many of the young researchers at the retreat (including myself). But a number of questions arose from the audience: Where to find the right people to organize an event? Can we really just step up to a high-school and give a class about our research? How to find a decent writing course? Jos van den Broek suggested to look into possibilities to set up an afternoon-course or workshop with PCDI: ‘How to be a good Science Communicator’. I personally hope that PCDI will follow his advice and come up with a course full of science writing, public speaking, networking and presentation skills. I will surely attend!

I have been inspired: I definitely want to have an impact on society that goes beyond my fundamental research!

- This report was first published on the website of PCDI -

Humane genoomprojecten: 10 jaar later

Op 26 juni 2000 sprak toenmalig president van de VS, Bill Clinton, de woorden: “Vandaag …  vieren we de voltooiing van het eerste overzicht van het volledige humane genoom … Hiermee zal de mensheid immense nieuwe mogelijkheden voor de geneeskunst tot zijn beschikking hebben. Genoom-wetenschap zal een enorme impact op onze levens en de levens van onze kinderen hebben. Het zal de diagnose, preventie en genezing van de meeste, zo niet alle, humane ziektes revolutionair veranderen”. Hij had het over de publicatie van het humane genoom, met aan zijn zijde de twee hoofdrolspelers in de race: Francis Collins, de baas van het publieke Humane Genoom Project en Craig Venter van Celera Genomics. Het tijdschrift Nature wijdde vorige maand een speciale bijlage aan het 10-jarige jubileum van de publicatie van de humane DNA-sequentie.

Eind jaren 80 werd het sequencen van het complete humane genoom onmogelijk geacht. Wetenschappers  konden toen carrière maken met het sequencen van één enkel gen. Toch werd met behulp van vele miljoenen dollars overheidssubsidie in 1989 het Humane Genoom Project gestart (HUGO, The Human Genome Organsation). Hiervoor gingen onderzoeksgroepen wereldwijd samenwerken en moesten de betrokken onderzoekers zich houden aan standaard procedures. Dit was een grote verandering voor de wetenschappelijke wereld, waarin normaal elke onderzoeksgroep vrij ‘individueel’ aan zijn eigen project werkt.  In 1994 was er een klein groepje mensen die het allemaal niet snel genoeg ging en een nieuwe manier van sequencing ontwikkelden, de ‘shotgun-sequencing-techniek’. Deze techniek werd met de nodige scepsis ontvangen, maar nadat het genoom van de fruitvlieg werd gepubliceerd, werd de methode algemeen geaccepteerd (sinds 2001 wordt shotgun-sequencing voor bijna al het sequencen gebruikt). Vanaf 1998 had het HUGO dus een concurrent: het bedrijf Celera Genomics van Craig Venter. Daarna was het een nek-aan-nek race tussen het commerciële Celera met vele press-releases over het succes van hun methode en HUGO die benadrukte dat het humane genoom toch echt publiek bezit moest blijven. Uiteindelijk werd de wedstrijd met gelijkspel beëindigd in het Witte Huis met de mooie woorden van Bill Clinton. Maar is de beloofde revolutie er ook echt gekomen?

Sceptici zeggen van niet: de bekendheid van de DNA-volgorde van de mens betekent niet dat we nu alles weten. Er zijn alleen nog maar meer vragen bijgekomen, de complexiteit van ons genoom blijkt vele malen groter te zijn dan verwacht (gevreesd). De klinische toepassingen lijken voorlopig nog beperkt.  Maar de impact moet niet onderschat worden: de kennis die we nu hebben over het humane genoom is vele malen groter dan tien jaar geleden. Onderzoekers in de (medische) biologie gebruiken dagelijks databases met genoominformatie die er niet zou zijn geweest zonder de sequencing-projecten. Ook de techniek heeft niet stilgestaan – integendeel: sequencing van 1 menselijk genoom kan nu in 1 week voor zo’n $10.000, 14.000 keer goedkoper en 50.000 keer sneller dan in 2000. Momenteel zijn zo’n 5000 organismen gesequenced, waarvan ongeveer 170 mensen met verschillende etnische achtergrond. Doordat we dit nu van zowel gezonde als zieke individuen kunnen doen, is het mogelijk om foutjes of variaties in het DNA te koppelen aan bepaalde ziektes of uiterlijke kenmerken. Hiervoor liggen de moeilijkheden niet bij het sequencen zelf, maar bij de rekenkracht van computers.

Een recente doorbraak in de geneeskunde is het sequencen van kankergenomen. Wereldwijd zijn projecten gestart om 500 tumorgenomen van 50 soorten kanker in kaart te brengen. In tumoren hopen veel DNA-fouten zich op waardoor de kankercellen ontsporen, wat kan leiden tot uitzaaiingen. Door het sequencen van tumorgenomen hoopt men meer te weten te komen over de ontwikkeling van kanker.
Dat dit mogelijk is blijkt uit een recent gepubliceerde studie waarin van een borstkankerpatiënte haar ‘gezonde’ DNA en dat van haar tumorcellen vier keer in een jaar gesequenced werd. Dit onderzoek laat zien welke DNA-veranderingen op welk moment optraden, wat weer gekoppeld kon worden aan informatie van het ziekteverloop van de patiënte. Zonder de genoom-sequencing projecten van 10 jaar geleden en de technische vooruitgang die hierop volgden was dit technisch en financieel onhaalbaar geweest.

Ik deel de mening die zowel Craig Venter als Francis Collins geven in de Nature-bijlage: de gehoopte revolutie in de geneeskunde is er dan misschien nog niet, maar “the best is yet to come”. Hopelijk verschijnt er in 2020 een nieuwe bijlage waarin we kunnen lezen hoe de genetica van kanker volledig is opgehelderd en bij iedere kankerpatiënt door middel van kanker-genoom-sequencing een passende therapie gevonden zal worden… De tijd zal het leren.

Dit artikel is oorspronkelijk gepubliceerd op wetenschapsblog Sciencepalooza

Digestion of the 2010 Postdoc Retreat

If I would have to summarize the past Postdoc-retreat in Heeze in one word, it would be: ENERGIZING! Talking to so many young scientists with similar questions as I had, and listening to people who are happy about their career was very inspiring!When I signed up for the retreat, I wasn’t sure about staying in science, and if not, what I would do else. In the past few months I spent time thinking about this, talking to people, looking into organizations that I would be interested in to work for etc. Just before the retreat, I had made up my mind: after this post-doc I would do something else. I would be either a teacher, or a science communicator, or both. But I wanted to keep my mind open for other possibilities during the retreat.

We listened to two inspiring established scientists, and although I love science, the thing that became most clear to me was: I am not like them... The enormous drive, passion for research, the will to dive very deep into one subject… I don’t really have that, and never had. I am not a bad researcher, but just not a REAL scientist. So for me it would not be the right way to pursue a career in science.

We heard the story from a scientist who started his own spin-off based on his results, and also from someone who helps other researchers with translating their results into products via  a technology-transfer office. I like to translate science in something with a practical purpose but I didn’t make any major discoveries that could be used. But helping other scientists with this might be an interesting way to go, although my commercial skills are not very developed...

Also a few major players in the pharmaceutical/biotech industry were invited. What came up as a PRO of working for a company was the team-spirit, something the speakers had missed during their scientific career. I also sometimes miss the contact with other during working alone on my project. But I don’t really want to do labwork anymore and the strong competition in industry is something I probably won’t like. So although I think a career in industry would be a nice one, I don’t think this is the right way to go for me.

And then, on the last day, the topic was ‘Your impact on society’. Together with people from science communication and industry, we discussed about our role as scientists in educating the public. About how to prevent media-catastrophes like the controversy on the HPV-vaccine and the doom-stories about the Mexican flu. About how to get schoolchildren in contact with science. About how to change the general idea about science…  During those discussions I forgot about my tiredness after 3 days of retreat and had to stop myself from taking the microphone every 5 minutes. It was clear: this is what I want to do! I want to tell others about science, to make the public aware about how great science is, to stop the popular media from writing nonsense about science, to make schoolchildren get in contact with science at an early age, to teach science, to write about science…. But I don’t have to do the science myself any more.

So this will be my next career step! Although it might sound clear, it is not simple to translate my desires into a paid job. Science communication is mainly being done on the side by scientists themselves (which is also what I’m doing now). So to really make this next career step I can’t just react on a job application, no, I will have to use my network to explore this option and I am aware that this may take some time. Hopefully this will lead to a job at one point…  So during the retreat I strengthened the idea that I already had for my future career, made it clearer and also expanded my network in the field of science communication. PCDI: Thanks for that! And you: Stay tuned, I will keep you updated via this blog about the progress I’m making.

- This blog was first posted on PCDI's community blog - 

Genetische onzin

Dagelijks worden door onderzoekers nieuwe gen-variaties ontdekt die mogelijk betrokken zijn bij allerlei ziektes, uiterlijke kenmerken en gedrag. Soms worden deze ontdekkingen door de (populaire) media volledig uit hun verband getrokken. Vier opmerkelijke ‘krantenkoppen’ op nu.nl.

“Gen geeft vrouwen meer bedpartners”

In deze studie kregen 150 studenten een vragenlijst over hun liefdesleven, vervolgens werd de variatie in genen betrokken bij het immuunsysteem bekeken. Vrouwen met veel variatie in het MHC (major histocompatibiliteit)-gen zouden meer bedpartners hebben gehad. Het gaat hier dus niet om een “gen voor aantrekkelijkheid”, maar om variaties in een gen die kunnen leiden tot kleine verschillen in het uiterlijk en de geur van zweet, waardoor vrouwen misschien iets aantrekkelijker zouden zijn. Het is jammer dat nu.nl geen aandacht besteed aan het feit dat veel variatie in het MHC-gen zorgt voor een betere algehele gezondheid. De belangrijkste conclusie van dit onderzoek is dus eigenlijk dat gezondere vrouwen aantrekkelijker zijn…
 

“Gen-ontdekking moet föhn overbodig maken”

In deze studie, gepubliceerd in het gerenommeerde tijdschrift “The American Journal of Human Genetics”, volgden Britse onderzoekers 5000 tweelingen. Zij ontdekten variaties in het trichohyaline-gen dat kan voorspellen of iemand steil of krullend haar zal krijgen.
Maar wat die föhn er mee te maken heeft? De praktische toepassing van dit onderzoek ligt meer in de richting van de forensische biologie, waarbij haren en DNA-sporen daders in een misdrijf kunnen helpen opsporen. Het krijgen van krullend haar door gentherapie is een droom voor cosmetische bedrijven, maar blijft toekomstmuziek, terwijl op nu.nl wordt gesuggereerd dat we door een pil ons kapsel kunnen veranderen…

“Gen beïnvloedt bindingsangst bij mannen”
De Zweedse onderzoekers namen bij heteroseksuele mannen vragenlijsten af over hun relaties en liefdesleven. De uitkomsten hiervan vergeleken ze met variaties in een gen dat betrokken is bij de werking van het hormoon vasopressine, dat bij muizen invloed heeft op seksueel gedrag. Het resultaat, gepubliceerd in het hooggewaardeeerde tijdschrift PNAS, was dat mannen met meer kopieen van een variant van dit gen minder vaak langdurig getrouwd waren, en vaker relationele crises hadden. Ook de mening van hun partner over de relatie was gerelateerd aan het aantal kopieen van de gen-variatie. De onderzoekers zeggen dat op basis van de genvariatie niet voorspeld kan worden of iemand een goede partner zal zijn – geen item op datingwebsites dus. De term ‘bindingsangst’ is erg ver gezocht, en de titel is een duidelijk voorbeeld van genetische onzin. 

"Gangster-gen’ ontdekt bij Amerikaanse jongeren”

Deze ‘krantenkop’ suggereert dat Amerikaanse jongeren een gen hebben waardoor ze gekleed in afzakkende broeken’s nachts met pistolen door achterbuurten van grote steden trekken. De werkelijkheid is natuurlijk veel subtieler: bij een gezondheidsstudie in Florida werd aan 2000 jongeren onder andere gevraagd of ze ooit bij een bende hadden gezeten en of ze wapens hadden gebruikt. Deze resultaten werden vergeleken met de activiteit van Monoamine Oxidase A (MAOA), een gen dat al in verband was gebracht met asociaal gedrag. Mannen met een lage MAOA-acitiveit waren vaker lid (geweest) van een bende en gebruikten vaker wapens. Er is dus geen gangster-gen ontdekt maar een gen-variatie geassocieerd met crimineel gedrag.
Het moge duidelijk zijn dat in slechts één van deze stukjes het gaat om de ontdekking van een ‘nieuw’ gen dat betrokken is bij een uiterlijk kenmerk, in de andere gevallen werden nieuwe relaties gelegd tussen genvariaties en een bepaald gedrag.

De ‘spannende’ titels van de artikelen trekken de aandacht van de internetter, maar echt aandachtig worden deze waarschijnlijk niet gelezen, gezien de korte bezoektijd aan dit soort websites. Zo wordt het onjuiste beeld geschapen dat er voor elk gedrag een ‘gen’ bestaat. Nu.nl wil dus duidelijk lezers trekken en is minder geinteresseerd in de echte wetenschap. Jammer voor een zeer goed bezochte website die een rol zou kunnen spelen in een beter begrip van genetica bij het algemene publiek.

Dit stuk is origineel gepubliceerd op wetenschapsblog Sciencepalooza

Introduction

After racing through secondary school, University and PhD I found myself in my first real post-doc at the age of 28 and realized that I needed to take a step at my place to reflect on my past and decide which route to take for the rest of my career. Will it be it the freedom and joy of science, but including the endless struggle for money, the uncertainties about positions and the crazy work hours; or will I change to a more stable job that might be (or not…) less challenging?

I considered ‘leaving’ science at the end of my PhD but decided to continue with a post-doc because the ‘other options’ I had were quite vague and none seemed  to be as challenging as science. But during the first year of my post-doc the doubts came back. This was when I came across PCDI and signed up for the Post-doc retreat. And that I started to realize that science is great, but that it doesn’t have to be me who makes the great discoveries. Attending the retreat, keeping my eyes open on other careers linked to science and taking action to do other things next to working in the lab gave me ideas about what I really wanted.

At the moment my projects as a post-doc are actually working out well, I supervise students, I do some teaching, I write blogs for Sciencepalooza, I organize an event with our Department aiming to win the Academische Jaarprijs and I am in the organizing committee of PCDI's Postdoc Retreat 2011. As I actually enjoy all the other things more than really doing the science, I don’t think I will try to set up my own lab and make great discoveries. – I want to be teaching, talking and writing about science, organizing public events and participating in initiatives to bring science to the public. Now I just have to find the job that fits it all… or maybe I already have that job…?

In my blog you can read about all the steps I’m taking to find the perfect career in science communication.

- This blog was first posted on PCDI's community blog -