Supersnel sequencen in China

In China kan alles sneller en goedkoper worden gefabriceerd. Electronica, kleding, speelgoed: als het goedkoop moet, wordt het in China geproduceerd. De Chinezen hebben nu ook de markt van het DNA-sequencen ontdekt – het “lezen” van de letters van ons erfelijk materiaal. Dit is de afgelopen decennia heel belangrijk geweest voor onderzoek in allerlei takken: de zoektocht naar de oorzaak van erfelijke ziektes, uitzoeken hoe de mens geëmigreerd is van Afrika naar Europa, de evolutionarie oorsprong van de spitsmuis achterhalen, om super-rijst te maken… overal is DNA-onderzoek voor nodig. De Chinezen springen slim in op deze enorme vraag naar deze techniek met het Beijing Genomics Institute, of BGI.

In 1999 werd BGI opgericht als tak van de Chinese Academy of Sciences, nu zijn er ook al vestigingen in de VS en in Europa. Het doel van het instituut is om zoveel mogelijk DNA-volgordes te bepalen. Van worm tot reuzenpanda, van rijst tot komkommer, alles wordt gesequenced. De projecten van BGI hebben ambitieuze namen als het “10.000 microbial genomes-project”, het “1000-plant-and-animals-project”, het “1000-mendelian-disorders-project”. Ook werken de Chinezen aan de “Genomic Zoo”, waarvan het doel is om het erfelijk materiaal van 101 exotische en alledaagse dieren, van Pekingeend tot Noord-Amerikaanse bever, te sequencen.

Apparatuur en medewerkers

Voor het sequencen van deze vele duizenden mensen, dieren en planten zijn een heleboel sequencing-machines nodig. Het BGI heeft momenteel 137 van zulke machines staan (die per stuk meer dan een half miljoen euro kosten) – en dat zijn er meer dan Nederland, België, Frankrijk en Duitsland bijelkaar. Voor het bedienen van al deze apparatuur is ook een hoop mankracht nodig, hiervoor heeft het instituut nu 4000 medewerkers in dienst. Al deze mensen zijn nodig om de machines dag en nacht aan de gang te houden, de apparatuur is namelijk te duur om stil te staan. De output van dit instituut is dan ook enorm: in 6 minuten wordt er evenveel DNA gelezen als tijdens het humane genoomproject in de eerste 10 jaar bijelkaar. Dat het goed gaat met BGI wordt duidelijk uit de waslijst van wetenschappelijke artikelen in high-impact tijdschriften: in 2010 verschenen 20 artikelen, waarvan meer dan de helft in tijdschriften met een kwaliteit waar de gemiddelde wetenschapper slechts van kan dromen.

Meer en sneller?

Maar, het lijkt allemaal te gaan om veel en het liefst zo snel mogelijk… De Chinezen schrijven trots op hun website dat de productiviteit met 300% omhoog is gegaan de afgelopen jaren. Echter, van veel Chinese producten geldt dat de kwaliteit ver onder dat van vergelijkbare (maar duurdere) Europese artikelen ligt. Nieuwe uitvindingen komen meestal niet van Chinese bodem, maar worden daar slechts goedkoop geproduceerd of gekopieerd. De creatieve geesten komen uit Europa of de Verenigde Staten. Geldt dit ook voor dit enorme genomics-insituut? De kwaliteit van het sequencen lijkt onomstreden, gezien de vele publicaties in gerenommeerde tijdschriften. Echter, het feit dat de gemiddelde leeftijd van de auteurs van een artikel slechts 21 jaar is, zou kunnen verraden dat BGI een grote groep jonge, en dus goedkope en waarschijnlijk niet heel hoog opgeleide krachten in dienst heeft.

Maar volgens collega’s, die met BGI samenwerken, is dit niet helemaal waar (zie ook commentaar in Nature). BGI wil niet alleen een instituut zijn waar Amerikaanse en Europese wetenschappers hun arbeidsintensieve en daarom dure werk uitbesteden, maar zoekt juist ook naar wetenschappelijke samenwerkingen en publicaties. De leeftijd van de medewerkers is zo laag omdat zij niet breed, maar heel gespecialiseerd worden opgeleid – en deze deskundigen zijn in Europa en de VS zeer gewild. Hopelijk zal dit Chinese instituut inderdaad echt een bijdrage gaan leveren aan hoogstaand onderzoek. Wetenschappers zijn al positief over het feit dat de Chinezen meedenken over de onderzoeksvraag voordat aan het werk begonnen wordt. Dus, wie weet gaat BGI zich ook ontwikkelen tot een topinstituut dat Europeanen en Amerikanen zal aantrekken – de tijd zal het leren.

Dit artikel verscheen eerder op wetenschapsblog Sciencepalooza